Alguns pacientes com perda auditiva profunda bilateral não podem realizar um implante coclear como, por exemplo, os que possuem cóclea totalmente ossificada ou ausente ou os que não possuem o nervo coclear. Esses pacientes se beneficiariam de um implante auditivo colocado diretamente junto ao núcleo coclear no tronco encefálico elaborado também pelo Dr. William House a partir de 1979.
Seu componente externo (processador auditivo) é semelhante ao implante coclear. A parte interna tem um processador semelhante e o diferencial é o cabo de eletrodos, no caso do implante de tronco, o cabo termina numa rede de eletrodos que é colocada junto ao tronco encefálico na altura do núcleo coclear.
Um dos principais grupos que se beneficiaram com o implante de tronco encefálico foi o dos pacientes com neurofibromatose tipo 2, que apresentavam tumores de ângulo pontocerebelar bilateralmente. Sua indicação, a princípio, é somente para maiores de 12 anos de idade, mas nos últimos anos, o uso em crianças menores, com má formações na cóclea ou no nervo coclear que contraindiquem o implante coclear, vem se ampliando.
A cirurgia é realizada por via translabiríntica, de preferência, com auxílio de neurocirurgião. Ao chegar ao ângulo pontocerebelar, acompanha-se o nervo VIII até sua entrada no tronco encefálico, sendo localizado o recesso lateral por dentro do forame de Luschka, com a face de eletrodos voltada superiormente para a área do núcleo coclear.
A ativação é realizada, como no implante coclear, cerca de 4 semanas após a cirurgia. Esse processo deve ser feito sob total monitorização pelo risco de estimulação de outros nervos cranianos próximos à área do núcleo coclear. Após essa etapa, o processo é semelhante ao implante coclear. Atualmente, crianças, até então um grupo não beneficiado com esse implante, com cóclea ausente ou ossificada ou agenesia de nervo coclear têm sido submetidas a essa cirurgia. Os resultados são bem satisfatórios chegando a ser comparado com os resultados para aquisição de linguagem do implante coclear.